นะโงะยะมีท่าอากาศยานอยู่สองแห่ง ท่าอากาศยานหลักคือ ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์ (NGO) ที่ก่อสร้างโดยการถมทะเลบริเวณเมืองโทโกะมะเนะ ซึ่งท่าอากาศยานแห่งนี้มีเที่ยวบินระหว่างและเทศและเที่ยวบินในประเทศจำนวนมาก และท่าอากาศยานรองคือ สนามบินนะโงะยะ (ท่าอากาศยานโคะมะกิ) ซึ่งตั้งอยู่ในชานเมืองนะโงะยะบริเวณเมืองโคะมะกิและคะซุไง ซึ่งตั้งแต่วันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2005 เที่ยวบินทั้งหมดได้ย้ายไปให้บริการที่ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์ และสนามบินนะโงะยะแห่งเก่านี้ถูกใช้เป็นฐานทัพอากาศสหรัฐอเมริกาและการบินทั่วไปและเป็นศูนย์บำรุงของฟุจิดรีมแอร์ไลนส์
สถานีรถไฟนะโงะยะนั้น ถือเป็นสถานีรถไฟที่มีพื้นที่ใหญ่ที่สุดในโลก ให้บริการในเส้นทางหลักคือ โทไกโด ชิงกันเซ็ง, สายหลักโทไกโด และสายหลักชูโอ นอกจากนี้มีรถไฟสายอื่นๆ อาทิ เมเตะสึและคินเตะสึที่เชื่อมต่อไปยังภาคโทไกและภาคคันไซ รถไฟใต้ดินเทศบาลนะโงะยะคอยให้บริการเส้นทางภายในตัวเมือง